Vào ngày 31 tháng 12 năm 2009, Bộ môn Khoa học Máy tính (CSD) thuộc Khoa Công nghệ Thông tin và Truyền thông (CICT), Trường Đại học Cần Thơ, được thành lập theo Quyết định số 2082/QĐ-ĐHCT. Ngày 29 tháng 9 năm 2022, theo Nghị quyết của Hội đồng Trường Đại học Cần Thơ, Khoa Khoa học Máy tính (FoCS) thuộc Trường Công nghệ Thông tin và Truyền thông (CICT) được thành lập trên cơ sở Bộ môn Khoa học Máy tính (CS).

Sứ mệnh của Khoa là đào tạo kỹ sư, thạc sĩ và tiến sĩ ngành Khoa học Máy tính, đồng thời tích cực tham gia các hoạt động nghiên cứu khoa học. Sinh viên được trang bị kiến thức và kỹ năng để xây dựng, phát triển, triển khai các hệ thống phần mềm (thông minh) hoặc đề xuất các giải pháp trí tuệ nhân tạo chuyên biệt trong nhiều lĩnh vực khác nhau. Chương trình đào tạo của Khoa đặc biệt chú trọng đến trí tuệ nhân tạo, bao gồm khai phá dữ liệu, đồ họa, xử lý ảnh, xử lý ngôn ngữ tự nhiên, thị giác máy tính và AI sinh sinh (generative AI).